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Enquête

A Wuhan avec Bat Woman, aux origines du Covid-19

Un an après l’émergence de la pandémie, la cité chinoise de Wuhan, 11 millions d’habitants, accueille une équipe de l’OMS pour enquêter sur les origines du Covid-19. Retour sur les premières semaines de la pire crise sanitaire de l’histoire moderne et explications de Shi Zhengli, virologue de combat.

WUHAN

La virologue chinoise Shi Zhengli, 56 ans, dans le laboratoire P4 de Wuhan. «Le nouveau coronavirus est une punition de la nature pour nos habitudes de vie non civilisées.»

JOHANNES EISELE

Le 30 décembre 2019, Shi Zhengli assiste à une conférence à Shanghai lorsque son portable se met à vibrer. Il s’agit de sa patronne, la directrice de l’Institut de virologie de Wuhan. Elle vient de recevoir deux échantillons prélevés sur des patients souffrant d’une mystérieuse nouvelle pneumonie. «Lâche ce que tu fais et viens nous donner un coup de main», lui intime sa cheffe.

La virologue de 56 ans, qui a grandi dans un coin rural du Henan et parle couramment le français, ayant effectué son doctorat à l’Université de Montpellier, saute dans le premier train à destination de Wuhan, une cité de 11 millions d’habitants connue pour ses universités et son industrie automobile. Durant le long trajet, les questions se bousculent. Comment expliquer l’apparition de ce virus au centre de la Chine en plein hiver? Ses recherches ont démontré que les pathogènes ont plutôt tendance à naître dans les provinces tropicales du sud-ouest du pays. «Est-il possible que le virus se soit échappé de mon laboratoire?» s’interroge-t-elle.

A son arrivée, ce petit brin de femme au regard déterminé se met aussitôt au travail, analysant frénétiquement le matériel génétique contenu dans les échantillons. Au bout d’une semaine, elle possède une séquence complète de l’ADN du nouveau virus. La boule au ventre, elle le compare aux milliers d’échantillons traités par son laboratoire. Il n’y a pas de correspondance. Elle pousse un grand soupir de soulagement. «Je n’avais pas fermé l’œil de la semaine», raconte-t-elle.

WUHAN

Composée notamment de Shi Zhengli et de Peter Daszak, la mission scientifique chargée d’étudier les chauves-souris pour prélever des échantillons et les analyser, ci-contre en 2019 au Guangdong et ci-dessous en 2015 dans les grottes du Yunnan.

EcoHealth Alliance

Elle découvre en revanche que le SARS-CoV-2, le virus à l’origine des mystérieuses pneumonies, est à 96,2% identique à un échantillon qu’elle a récolté en 2013 sur une chauve-souris rhinolophe dans une mine abandonnée au Yunnan. «Une poignée de mineurs y avaient contracté une pneumonie de source inconnue et on m’avait demandé d’investiguer sur la cause», se remémore-t-elle. A ce jour, ce pathogène – surnommé RaTG13 – reste le seul ancêtre connu du virus ayant provoqué la pandémie de Covid-19.

A plus de 12 000 kilomètres de là, Peter Daszak est assis dans les locaux de l’ONG new-yorkaise EcoHealth Alliance, qu’il dirige, le 30 décembre, lorsqu’il reçoit une alerte du service d’information médical ProMed signalant un cluster de pneumonies de source inconnue à Wuhan. Il tente aussitôt de contacter Shi Zhengli, mais elle est trop occupée pour lui répondre. «J’ai su alors que c’était grave», glisse-t-il.

Cela fait plus de quinze ans que les deux scientifiques se connaissent. Ils se sont rencontrés en 2004, dans le cadre d’une mission scientifique destinée à trouver les origines du SRAS, un autre coronavirus mortel qui avait sévi deux ans plus tôt, faisant 774 morts. Ensemble, ils ont mené des dizaines d’expéditions dans des grottes remplies de chauves-souris, pour leur prélever des échantillons et les analyser. Au fil des ans, ils ont découvert 500 nouveaux coronavirus. «Parmi ceux-ci, une cinquantaine sont fortement affiliés au SRAS ou au MERS (un coronavirus découvert en 2012, ndlr), ce qui les rend particulièrement dangereux pour l’homme», note cet expert des maladies émergentes. En 2015, Shi Zhengli a finalement identifié une grotte au Yunnan contenant tous les composants génétiques du SRAS. «Nous avions repéré le réservoir naturel de ce virus», livre-t-elle. Cette découverte – et la notoriété qui s’est ensuivie – lui a valu le surnom de Bat Woman en Chine.


Alors qu’elle cumule les nuits sans sommeil dans son laboratoire, la rumeur enfle à Wuhan. «Mi-décembre, tout le monde parlait déjà de ces pneumonies de source inconnue dans mon hôpital, en les comparant au SRAS», se souvient Osamah Alwalid, un radiologue d’origine yéménite qui travaille pour l’Hôpital de l’Union. Son établissement est situé à 6 kilomètres du tristement célèbre marché couvert de Huanan, une grande halle où les poissons et les fruits de mer sont vendus à côté des rats des bambous, des porcs-épics et des paons entreposés vivants dans de minuscules cages insalubres. Les premiers patients y travaillent. A partir de début décembre, ils se présentent au compte-goutte dans les hôpitaux environnants.

Le 30 décembre, un document du Département de la santé de Wuhan confirme l’existence d’une poignée de cas parmi les gens ayant fréquenté le marché de Huanan. Le même jour, plusieurs médecins publient des avertissements à l’intention de leurs collègues dans un groupe de discussion privé sur le réseau social WeChat.

L’un d’eux, un ophtalmologue nommé Li Wenliang, y raconte que sept patients souffrant de la nouvelle maladie ont été hospitalisés dans son établissement. Il a par la suite contracté le virus et en est décédé, non sans avoir été auparavant puni pour avoir «fait circuler de fausses rumeurs».

Mais le jour du Réveillon, la ville ne compte officiellement que 27 cas. Ce matin-là, Zhang Xiaochun, la vice-directrice du département de radiologie de l’hôpital Zhongnan, un établissement affilié à l’Université de Wuhan, est occupée à faire ses valises, lorsque son téléphone sonne. «C’était mon chef, se remémore-t-elle. Il me disait d’annuler mes vacances et de gagner l’hôpital le plus rapidement possible pour une réunion urgente.»

WUHAN

Composée notamment de Shi Zhengli et de Peter Daszak, la mission scientifique chargée d’étudier les chauves-souris pour prélever des échantillons et les analyser, ci-contre en 2019 au Guangdong et ci-dessous en 2015 dans les grottes du Yunnan.

EcoHealth Alliance

Trois jours plus tôt, une collègue lui avait demandé d’examiner la radio d’un patient. Ses poumons étaient entièrement striés de blanc, comme s’ils étaient recouverts d’une fine couche de verre dépoli. «On dirait le SRAS!» s’est exclamée la radiologue, qui avait à l’époque œuvré sur la ligne de front de cette autre épidémie. A l’hôpital, elle rassemble les membres de son département, leur dit de désinfecter toutes les surfaces, de chausser des lunettes de protection et de se fabriquer des masques avec au moins 12 couches de gaze.

Les jours suivants, les hôpitaux de Wuhan sont envahis de patients souffrant de fièvre inexpliquée et de troubles respiratoires. Malgré ce déferlement, la ville de Wuhan continue de maintenir jusqu’à mi-janvier qu’elle ne compte qu’une soixantaine de cas, soucieuse de ne pas perturber le déroulé d’une réunion politique de haut niveau. Les autorités nient également à plusieurs reprises que le virus puisse se transmettre entre humains.

Cantonnée à son laboratoire, Shi Zhengli sait que ce n’est pas vrai. Le nouveau virus ressemble beaucoup trop au SRAS pour ne pas être contagieux pour l’homme. Mais les directives de la Commission de la santé de Wuhan sont claires: les hôpitaux et les chercheurs doivent s’abstenir de diffuser des nouvelles alarmantes, pour ne pas provoquer un vent de panique au sein de la population. Alors elle se tait.

C’est un virologue basé à Shanghai, Zhang Yongzhen, qui finit par publier le 11 janvier la séquence génétique du nouveau pathogène sur une base de données en libre accès, afin d’alerter le reste de la planète. Son laboratoire sera par la suite fermé pour des mesures de «rectification».

Peter Daszak

Peter Daszak, directeur de l’ONG EcoHealth Alliance, à New York, travaille depuis quinze ans avec la virologue Shi Zhengli.

©Twitter Peter Daszak

Le 20 janvier, Zhong Nanshan, l’un des spécialistes des maladies infectieuses les plus en vue du pays, apparaît enfin à la télévision pour indiquer que 15 membres du personnel soignant ont contracté le nouveau virus, confirmant l’existence d’une transmission entre humains. Le 23 janvier, la ville de Wuhan dans son ensemble est placée en quarantaine. Plus personne ne peut y entrer ou en sortir.

Dans les semaines qui suivent, le chaos s’empare des établissements de soins. Fin janvier, l’hôpital de la Croix-Rouge, fait pour accueillir 300 personnes, en héberge 800. Des patients reçoivent des intraveineuses sur le parking de l’hôpital, des cadavres restent dans les corridors durant des heures, enveloppés dans un simple drap de lit, et des queues de plusieurs centaines de mètres se forment devant les urgences.

La scène qui accueille Ma Fang* à l’hôpital Hankou, l’un des trois premiers établissements de la ville consacrés au Covid-19, dépasse ses pires cauchemars. Le personnel de nettoyage a fui, laissant des monceaux de déchets et de matériel médical contaminé dans les couloirs, raconte cette médecin de 38 ans, qui travaille depuis douze ans dans une unité de soins intensifs. Aux urgences, reconverties à la hâte en zone d’isolement à l’aide de panneaux en bois, 85 patients – pour la plupart dans un état critique – attendent de recevoir des soins. Comme tous les lits sont occupés, certains sont assis dans la salle d’attente avec une intraveineuse dans le bras, cherchant désespérément à happer de l’air.
«Il n’y avait que deux ophtalmologues pour s’occuper de tous ces gens, se remémore Ma Fang. Le personnel des soins intensifs et les spécialistes des maladies respiratoires étaient tombés malades. Une deuxième équipe de médecins qu’on avait fait venir des autres unités de l’hôpital avait elle aussi succombé à la maladie. Alors il ne restait plus que les deux ophtalmologues. Quand ils nous ont vus arriver, ils ont fondu en larmes.»

Certains patients étaient déjà condamnés au moment de passer la porte des urgences. Elle se souvient d’un homme dans la cinquantaine, arrivé à l’hôpital avec une saturation en oxygène de 47%. «Nous avons tout fait pour le sauver, mais nous n’avions plus de ventilateurs, alors il est décédé quinze minutes plus tard», relate la doctoresse, qui fait partie d’une équipe de 128 volontaires envoyés par la province du Guangdong.

WUHAN PHOTOS JULIE

Zhang Xiaochun, vice-directrice de radiologie à l’hôpital Zhongnan, à Wuhan, a été au cœur de l’action.

Julie Zaugg

La situation n’est guère meilleure en dehors des hôpitaux. Les malades qui n’ont pas trouvé de lit reçoivent l’ordre de s’isoler à la maison durant quatorze jours. Ils sont nombreux à mourir chez eux, sans recevoir de soins. Des familles entières sont décimées. «Nous nous sommes rendus dans plusieurs hôpitaux, nous avons pleuré et supplié pour qu’on nous prenne en charge, mais nous n’avons pas pu trouver de lits», écrit le réalisateur de films Chang Kai en février, sur son lit de mort. Ses deux parents ont déjà été emportés par la maladie et sa sœur s’apprête à les suivre.

Alors qu’elle lutte de toutes ses forces contre la maladie, la radiologue Zhang Xiaochun voit ses collègues tomber comme des mouches. Dépourvus de matériel de protection, ils sont plus de 80 à avoir contracté la maladie. «Nous n’avions plus de gants, ni de blouses jetables, dit-elle. Il n’y avait que 50 masques N95 pour tout l’hôpital.»

Début février, elle décide d’agir. «Pour faire baisser le taux de mortalité et casser les chaînes de transmission communautaires, il fallait isoler et soigner les cas avec des symptômes légers», détaille-t-elle. Or cela implique de les repérer, malgré le manque de tests nucléiques et leur efficacité limitée. Ses propres parents ont été testés négatifs, alors que leurs poumons montraient tous les signes d’une infection au Covid-19, qui sera par la suite confirmée.

Elle analyse des centaines de scans de poumons et en tire une série de critères diagnostiques permettant d’identifier la maladie sur la base de ce seul examen. Après une nuit blanche passée à réfléchir au risque de contourner la doctrine officielle, elle poste les résultats de ses recherches sur le réseau social WeChat. A sa grande surprise, ses recommandations sont adoptées.

Le 9 février, le gouvernement inaugure 20 hôpitaux provisoires, construits à la hâte dans des centres sportifs et des halles d’exposition, pour accueillir les malades avec des symptômes légers identifiés sur la base d’un scan de leurs poumons.

Une semaine après ce changement de cap, le nombre de nouveaux cas enregistré chute. Fin février, moins de 500 cas sont rapportés chaque jour. Le nombre d’infections continue à décliner tout au long du mois de mars et, le 8 avril, la ville rouvre ses portes après 76 jours de confinement. Depuis le mois de mai, elle n’a plus enregistré un seul cas de Covid-19.

Mais, alors que la Chine commence à se remettre de l’épidémie, le virus part à la conquête du reste de la planète. Confronté à des scènes de chaos à New York et dans d’autres villes du pays, le président américain, Donald Trump, cherche un coupable. Ce sera Shi Zhengli. Relayant des théories du complot apparues sur des sites d’extrême droite et défendues par son ex-conseiller Steve Bannon, il affirme que le virus a été développé à l’Institut de virologie de Wuhan et s’en est échappé.

Incrédule, Shi Zhengli passe plusieurs jours fiévreux à lire les commentaires incendiaires à son égard sur internet. «On m’a accusée de tous les maux. On a dit que j’avais provoqué la pandémie, tué des milliers de gens... comme si une seule personne pouvait causer une catastrophe d’une telle ampleur!» confie-t-elle, encore secouée. A bout de nerfs, elle décide de se défendre. «Le nouveau coronavirus apparu en 2019 est une punition de la nature pour nos habitudes de vie non civilisées, écrit-elle début février sur Weibo, le Twitter chinois. Moi, Shi Zhengli, je jure sur ma vie qu’il n’a rien à voir avec notre laboratoire. Ceux qui propagent ces rumeurs sans fondement feraient mieux de fermer leur sale gueule.»

Mais la polémique refuse de se taire, malgré la publication dans Nature à la mi-mars d’un papier rédigé par une équipe d’épidémiologistes de renom, dont Ian Lipkin de l’Université Columbia, qui confirme que le virus n’a pas été créé dans un laboratoire. Hors de lui, Peter Daszak sort de sa réserve. «Ma collègue et amie Shi Zhengli […] devrait être saluée comme une héroïne, pas calomniée», écrit-il sur Twitter.

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L’équipe d’experts internationaux de l’Organisation mondiale de la santé chargée d’enquêter sur les origines de la pandémie de Covid-19 est arrivée jeudi dernier à Wuhan, berceau présumé du virus.

Ng Han Guan

Rapidement, il devient lui aussi la cible des complotistes. «Je me suis mis à recevoir des appels téléphoniques anonymes au milieu de la nuit, des demandes d’interview de la part de faux journalistes», raconte-t-il. Peu après, il apprend que le gouvernement américain a coupé l’une des subventions de son ONG EcoHealth Alliance, en raison de ses liens avec la virologue.

Marquée à vie par ce lynchage en public, Shi Zhengli dit avoir «complètement perdu foi dans les médias». En déclarant que le SARS-CoV-2 a fuité de son laboratoire, «le président Trump a mis en danger et affecté notre travail. Il nous doit des excuses», déclare-t-elle à la revue Science en juillet.

Alors que la virologue vit les heures les plus sombres de sa carrière, la vie reprend son cours à Wuhan. Les usines automobiles, qui ont valu à la cité son surnom de Detroit de la Chine, ont recommencé à tourner à plein régime et les berges de la rivière Yang-Tsé sont de nouveau couvertes de promeneurs. Mi-août, des centaines de résidents assistent à une rave géante dans un centre aquatique, dont les images font le tour du monde.

Mais derrière cette apparente bonhomie, les stigmates de la crise sont omniprésents. Des stations sanitaires ont été installées à l’entrée de chaque bâtiment public, complexe d’habitations ou supermarché pour prendre la température des résidents et examiner leur état de santé, enregistré dans une app que tout le monde est obligé de télécharger par le gouvernement. Les masques sont obligatoires en public. Et de nombreux magasins et restaurants n’ont pas rouvert.

Officiellement, Wuhan a enregistré 50 333 cas de Covid-19 et 3869 morts, mais le bilan réel est sans doute bien plus lourd. Une étude sérologique publiée fin décembre montre que 4,4% de la population a contracté le Covid-19, portant le décompte à un demi-million de personnes, dix fois plus que les chiffres officiels.

Ma Fang a quitté Wuhan le 20 mars, après cinquante-huit jours sur place. Les parents de Zhang Xiaochun sont sortis de l’hôpital le 26 mars et le 14 avril, et la radiologue fait désormais partie des figures encensées par le gouvernement pour sa contribution à la résolution de la crise. «Je ressens un mélange de joie et de tristesse, livre-t-elle. Je suis touchée par l’élan de solidarité dont ont fait preuve mes compatriotes, mais je pleure aussi tous ceux qui ont péri.» Elle n’est pas seule. Un hôpital de Wuhan a ouvert une unité spéciale pour accueillir les personnes souffrant de dépression en raison de la pandémie.

Mais la ville s’apprête à se retrouver de nouveau au centre de l’attention de la planète entière. L’Organisation mondiale de la santé a mis sur pied une équipe de dix scientifiques, dirigée par Peter Daszak, pour mener une enquête sur l’origine du virus. Composée de virologues, d’épidémiologistes et d’experts de la santé publique, elle est arrivée le 14 janvier à Wuhan pour une mission de quatre à cinq semaines.

Elle examinera les échantillons – notamment animaliers – prélevés au marché couvert de Huanan il y a un an, interviewera les premiers patients pour retracer leur parcours dans les jours avant l’apparition de la maladie et examinera les prélèvements effectués dans les hôpitaux de la ville sur les patients grippés dans les mois ayant précédé la pandémie.

Dans un deuxième temps, les scientifiques étudieront les populations d’animaux domestiques et sauvages susceptibles d’avoir transmis le virus à l’homme. L’hypothèse la plus probable est qu’une chauve-souris l’a passé à un autre animal – comme une civette, un rat des bambous ou un blaireau – qui a servi d’hôte intermédiaire, permettant au pathogène de muter et de devenir infectieux pour l’homme.

Cette transmission n’a pas forcément eu lieu à Wuhan. Sur les 336 échantillons prélevés sur des carcasses d’animaux provenant du marché de Huanan, aucun n’a été testé positif au Covid-19, selon les autorités sanitaires chinoises. Peter Daszak rappelle que RaTG13, le plus proche cousin du SARS-CoV-2, a été identifié dans une grotte au Yunnan, à plus de 1700 kilomètres de Wuhan. Il pense que le passage à l’humain pourrait avoir eu lieu là ou dans l’un des pays environnants (Laos, Vietnam, Birmanie), avant que le virus ne soit transporté à Wuhan par un voyageur infecté.

Cette zone tropicale cumule en effet tous les critères d’un point chaud viral: une importante biodiversité, une population en pleine croissance qui empiète sur l’habitat des espèces sauvages et de bons réseaux de transport. «Dans ces régions, on chasse les animaux sauvages, on les mange et on les vend – souvent encore vivants – sur de grands marchés où ils se mêlent aux espèces domestiquées, souligne l’expert. Ces comportements favorisent la propagation des virus.»

Il veut donc concentrer ses recherches sur ce coin d’Asie, qui a déjà donné naissance au SRAS. Shi Zhengli sera de la partie. «Notre première tâche sera d’effectuer des prélèvements sur les chauves-souris dans les grottes du Yunann, particulièrement dans les environs de la mine où j’ai repéré RaTG13, ainsi que dans des pays voisins», détaille-t-elle.

Il est crucial de connaître les origines de la pandémie de Covid-19. «Comprendre comment le virus est passé de l’animal à l’homme nous permettra de mettre en place un système d’alerte pour éviter que cela ne se reproduise, ou du moins repérer une telle transmission avant qu’elle ne se transforme en pandémie», relève Peter Daszak.

A terme, il espère établir une bibliothèque de tous les virus animaliers encore inconnus, afin de développer des tests diagnostiques, des traitements et des vaccins contre ceux présentant le plus de risques. Pour ce faire, il a lancé en 2016 le Global Virome Project, qui a pour but de récolter des échantillons animaliers dans les principaux points chauds viraux de la planète (Asie du Sud-Est, Inde, Nigeria, Brésil), puis de les analyser pour voir s’ils contiennent des pathogènes inconnus. Ceux-ci seront séquencés et introduits dans une base de données.

«Ce que nous avons découvert jusqu’ici ne représente que la pointe de l’iceberg, glisse Shi Zhengli. Il existe plus de 800 000 virus animaliers ayant le potentiel d’infecter l’humain. Nous devons les trouver avant qu’ils ne nous trouvent.»

* Prénoms d’emprunt.

Par Julie Zaugg publié le 22.01.2021